De naam is afkomstig van de term 'cerkonier' die in de 18e eeuw door Duitse juweliers gebruikt werd en via 'cirkoon' in 'zirkon' veranderde. Sommige verwijzen naar het Arabische woord 'zarkun', dat rood betekent of ook nog naar het Perzische woord 'zargun' dat goudgeel betekent.

In de natuur is zirkoon meestal bruinachtig tot groen. Door de stenen enkele uren te verhitten verkrijgt men kleurloze, lichtbruine en blauwe stenen. De kostbaarste zijn rode en oranje, daarna volgen de roodbruine, de bruingele en de purperrode stenen. Ook groenige en blauwe tinten zijn mogelijk.